As ações da Anvisa são direcionadas pela estratégia, desenhada no Mapa do Planejamento Estratégico, que orienta a instituição para o atingimento de seus objetivos estratégicos, bem como as metas e os projetos estabelecidos para execução do Planejamento Estratégico 2020-2023, que está alinhado ao Plano Nacional de Saúde, do Ministério da Saúde. A partir da publicação da Lei nº 13848/2019, a estratégia da Agência também conta com um Plano de Gestão Anual.

Além disso, são empreendidas outras ações voltadas a promover a melhoria da gestão, como a adoção de métodos, padrões e soluções para viabilizar gestão de processos e a gestão de riscos corporativos, difundindo uma cultura orientada a resultados.